继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
影片聚焦“无声末世”第一天，人类尚未掌握“出声即死”的法则，在怪物面前不堪一击。数以千计的怪物从天而降，怪物数量达到系列之最，视角也从前作的乡村小镇升级到美国第一大都市——纽约，全球沦陷，人类生活的街道、地铁、超市等地都变得危机四伏，一旦出声便会被潜藏的怪物“贴脸开大”，喧嚣的纽约沦陷为一座沉默的孤城，苟活的人类在此上演一场极限大逃亡。
近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯•麦库伦（Christopher Eccleston 饰）发明了名为“纳罗脉”的微型机器人，该机器人可以在很短时间内吞噬掉挡路的敌人，威力巨大。北大西洋公约组织（NATO）武器研究所对此颇感兴趣，向MARS集团购买了四颗纳罗脉弹头。运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。在弹头即将被抢去之际，另一组神秘人马阻止了武装分子的计划，并解救了护卫队仅剩的两名成员公爵（钱宁•塔图姆Channing Tatum 饰）和开伞索（Marlon Wayans 饰）。
第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
该剧根据经典科幻小说改编，故事描述神秘的外星领主率领外星种族以和平名义来到地球。他们的到来终结了地球上所有的战争，将地球变成了一个近似乌托邦的天堂。事实上这正是这个外星种族可怕的地方：当人类无法抵抗甚至没有任何怀疑的时候，已经被他们「征服」了
“霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特维奇家族的那副眼镜，上面有威震天关于能量块的信息扫描，而它现在的拥有者萨姆•维特维奇（希安•拉博夫饰）成为了“霸天虎”攻击的目标。
末日废土时代，已经没有可供呼吸的新鲜空气，人类大量灭绝，剩余的极少数人类精英通过方舟计划冬眠在地下的庇护所内。两位工程师在此负责起了庇护所的日常维修和危险检测工作，但一切并不是想象中的那么顺利...
A young mad genius attempts to 'hack the human mind' in order to fix humanity.
