架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
德光森太郎是个平凡的高中男生，因父母工作关系目前一个人住。一天他的住处阳台上竟躺了个可爱女孩飞羽，她自称是天使，奉神明之命来到人界学习人类相关之事！
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
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“我们该如何定义‘人’？”本剧制作阵容强大，由安达宽高（乙一）出任编剧，天野喜孝担纲角色设计，坂本龙一配乐，佐藤雄三执导，携手打造全新原创太空恐怖科幻故事！
在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究记录，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，他一头银发，仅用一只眼睛视物；常常叼着一根烟，背着一个大行囊，翻山越岭，追寻虫的足迹。
